Con el objetivo de formar jugadores y que prevalezca el espíritu de La Academia MCF, el Atlético Malagueño es un equipo compuesto por jóvenes canteranos con la ilusión de alcanzar la primera plantilla. Su tarea principal es ofrecer unos mecanismos de juego que permitan el crecimiento colectivo e individual de cada uno de los futbolistas que forman el plantel.
A nivel histórico, el mejor período competitivo del segundo equipo blanquiazul fue el comprendido entre 2003 y 2006, militando tres temporadas seguidas en Segunda División tras un memorable ascenso en el curso 02/03 de la mano de Antonio Tapia. Con plantillas de innumerables canteranos que hicieron carrera en la élite como Calatayud, Manolo Gaspar, Juanma, Nacho, Juanito, Alexis, Juan Rodríguez, Jesús Gámez, Manolo Reina y un largo etcétera.
El 9 de julio de 2009, bajo la presidencia de Fernando Sanz y tras la aprobación de la RFEF, el Málaga B cambiaba oficialmente su denominación por la actual de Club Atlético Malagueño. El 'B' militó en el Grupo IX de Tercera División durante once años (2007-2018), proclamándose campeón liguero de forma consecutiva en las temporadas 2016/17 y 2017/18 con un fútbol reconocible y reconocido.
El equipo dependiente de la Entidad logró con el máximo goleador histórico del Málaga CF en la élite, Julio César Dely Valdés, al frente del banquillo, un ansiado ascenso (el 27 de mayo de 2018) a la división de bronce y regresar al Grupo IV de Segunda División B en la temporada 2018/19.
La exigencia de una categoría con equipos muy experimentados y, sobre todo, un inicio liguero con ocho derrotas consecutivas llevaron al Malagueño a ocupar unas posiciones de descenso que ya no abandonó, a pesar de la mejoría en resultados con la llegada del técnico gaditano Manolo Sanlúcar. El 27 de abril de 2019, en la 35ª jornada liguera, el cuadro blanquiazul certificó de manera matemática su descenso a Tercera.
El ejercicio 19/20 fue de transición para un equipo dirigido por Sergio Pellicer, hasta el ascenso del técnico al MCF a mitad de temporada. La COVID-19 propició la suspensión del campeonato, con un Malagueño 9º en la tabla tras 29 fechas disputadas. En la 20/21, nuevo proyecto con el tándem técnico Funes-Bravo en el que se luchó hasta el último partido por ascender a la nueva Segunda RFEF, pero no se consiguió tras caer en la final del playoff frente al Antequera CF. El guion se repitió el curso 21/22, con los de Funes clasificados para el playoff de ascenso y cayendo en la primera ronda ante el Huétor Tájar granadino; y en la 22/23, eliminados en la 2ª ronda de la fase de ascenso ante El Palo FC.
