Nacido en Marbella el 25 de julio de 1950, José Aguilar debutó en la campaña 1967/68 con el Atlético Malagueño bajo las órdenes de Antonio Carmona Ros. Un par de años después lograría el ascenso a Tercera División con el filial malaguista siendo entrenador Abdullah Ben Barek. Tras permanecer varias temporadas más en el filial, en el ejercicio 1974/75 militó en el Atlético Marbella.
En la temporada 1975/76, con Milorad Pavic en el banquillo, regresó al Club Deportivo Málaga. Debido a las bajas de Meléndez (portero titular) y de Corral, guardameta que el CD Málaga pretendía fichar y cuyos problemas hepáticos desestimaron su fichaje -aunque años después sí vestiría la blanquiazul- provocaron el estreno de José Aguilar como jugador malaguista, siendo el futbolista 277 que debutaba con el CD Málaga desde 1941.
Su debut se produjo en el partido de la 3ª jornada de Segunda División entre el CD Tenerife y el CD Málaga, que acabaría con victoria local por 2-1. En la siguiente jornada se asentaría Palomo como portero titular del Málaga, sumado al hecho de que semanas después se trajo cedido a Humberto, provocaron un superávit de porteros en la plantilla, haciendo que José Aguilar no volviese a jugar un partido oficial con el CD Málaga.
Posteriormente, Aguilar cerraría su carrera futbolística militando en el Motril CF, la Gimnástica de Melilla y la UD Melilla.
