Roque Santa Cruz comenzó la práctica del Fútbol en las categorías inferiores del Club Olimpia de Paraguaya a los nueve años de edad, y debutó profesionalmente a los quince. Tras tres campeonatos ligueros como integrante del primer equipo, el delantero firmó con el Bayern Múnich, equipo en el que militó ocho temporadas y con el que conquistó más de una decena de títulos.
 
En la temporada 2007-08, Santa Cruz firmó por el Blackburn Rovers, con el que se estrenó como jugador de la Premier League. En su primera campaña anotó 26 goles: 20 en la Premier, 3 en la Carling Cup y otros 3 en la Copa de la UEFA. Fue el máximo goleador del equipo y el cuarto de la Premier en aquella temporada. Tras padecer una lesión en su segunda campaña que le impidió repetir los números cosechados en su estreno en Inglaterra, el delantero paraguayo firmó por el Manchester City, aunque regresó como cedido al Blackburn Rovers en la temporada 10-11 y al Real Betis en la campaña 11-12.