Tras la buena labor de formación realizada, los equipos de Fútbol 11 de La Academia no sufrirán excesivas modificaciones. La llegada de Clotet, procedente del Viking FK noruego, y Andrés Carrasco, del Dinamo Tbilisi georgiano, suponen las únicas altas. La promoción de Juan Carlos Cuevas al banquillo del Cadete preferente, del ex jugador del Málaga CF Manel Ruano al Liga Nacional Juvenil y del coordinador de metodología, Carlos Antón, al División de Honor, completan la plantilla de técnicos.
 
Además, con la intención de fortalecer los vínculos y apostar por el crecimiento del CD San Félix como entidad, entrenadores de La Academia como Antonio Jesús Gálvez y José Antonio Mateo, avalado por una amplia experiencia, serán los responsables de dirigir el Juvenil y Cadete del San Félix, respectivamente:
 
La relación de entrenadores para la temporada 2012/13 la completan:
At. Malagueño – Josep Clotet
Div. Honor – Carlos Antón
Liga Nacional – Manel Ruano
San Félix Juvenil Preferente – Antonio Jesús Gálvez
Cadete Autonómico – Andrés Carrasco
Cadete Preferente – Juan Carlos Cuevas
San Felix Cadete  - Jose Antonio Mateo
Infantil Autonómico – Javier Morán
Infantil Preferente – Rodrigo Hernando
 
Cambios en el organigrama de La Academia
 
En relación a la llegada de la nueva temporada, la estructura de La Academia del Málaga Club de Fútbol también se reforzará. Antonio Carlos Jiménez, procedente del CD La Mosca, se incorpora al organigrama como adjunto a la Coordinación de Fútbol 7, para convertirse en la mano derecha del coordinador de este área, Abdullah Ben Barek.
 
Además, se implementará una nueva área formativa dedicada únicamente a la tecnificación de los guardametas que será coordinada por Manel Benavente, responsable de la formación de los porteros de La Academia la pasada campaña.
 
En el capítulo de bajas, cabe reseñar la ausencia del hasta ahora psicólogo deportivo de La Academia, Unai Melgosa. La dirección de La Academia pretende incorporar a un nuevo responsable del área psicológica en próximas fechas.