El equipo malaguista solo se ha enfrentado en una ocasión al RC Deportivo de la Coruña en Copa del Rey. Fue en los dieciseisavos de final de la temporada 1999/2000, después de eliminar al Alzira en primera ronda. En el primer partido de aquella eliminatoria, el Málaga CF cayó 1-0 en fuedo coruñés. Sin embargo, los malaguistas lograrían empatar la eliminatoria en el encuentro de vuelta en La Rosaleda con un 2-1 gracias a los goles de Agostinho y Catanha, aunque el valor doble de los tantos visitantes supuso el pase para los deportivistas.
La temporada pasada los de Martiricos cayeron en dieciseisavos de final ante el CA Osasuna, equipo dirigido por aquel entonces por el actual entrenador del Málaga CF, Javi Gracia. Otra vez el valor doble de los goles fuera de casa dejaron a los blanquiazules sin pasar la eliminatoria después de empatar 3-3 en el partido disputado en La Rosaleda y de volver a igualar 1-1 en casa rojilla.
En la temporada 2012/2013 los malaguistas conseguirían la mejor clasificación histórica del equipo en el torneo del KO. Después de eliminar al Cacereño y Eibar SD en dieciseisavos y octavos de final, respectivamente, el Málaga CF se topó con el FC Barcelona en cuartos de final, que apearían a los blanquiazules del pase a semifinales. Un 2-2 fue el resultado de un espectacular encuentro de ida en el Camp Nou, en el que marcaron Iturra y Camacho. Sin embargo, en la vuelta en La Rosaleda, los blaugranas conseguirían llevarse la eliminatoria con un resultado de 2-4, a pesar del buen encuentro malaguista. El primer tanto fue obra de Joaquín y, tras adelantarse el FC Barcelona, Santa Cruz lograba empatar la eliminatoria a dos goles. Sin embargo, dos goles blaugranas en los últimos minutos dieron la victoria y el pase a los barcelonistas.
FOTO: Imagen de la vuelta de la eliminatoria de Copa del Rey frente al Barcelona en 2013
