1994-2001: El regreso a la élite
El 29 de junio de 1994, siendo Federico Beltrán su presidente, el Club Atlético Malagueño adoptó la denominación de Málaga Club de Fútbol, S.A.D. convirtiéndose en la primera denominación constituida como Sociedad Anónima Deportiva de la historia del Fútbol de Málaga.
Bajo la denominación de Málaga Club de Fútbol, el equipo blanquiazul disputó su primer encuentro oficial en Adra (Almería) el 4 de septiembre de 1994. Tras una temporada histórica en la que finalizó el campeonato invicto, el conjunto dirigido por Antonio Benítez consiguió ascender a Segunda División B el 28 de junio de 1995, imponiéndose en el último encuentro de la liguilla de ascenso al Jerez de los Caballeros en La Rosaleda.
Dos años más tarde, a pocos días de iniciarse la temporada 1997/98, Fernando Puche tomó el testigo de Federico Beltrán en la presidencia. En una fuerte apuesta por devolver a la Entidad a la élite tras dos temporadas quedándose a las puertas de clasificarse para la liguilla de ascenso a Segunda División, el Club reforzó notablemente la plantilla y la puso en manos del técnico asturiano Ismael Díaz. El conjunto blanquiazul consiguió la primera plaza en el grupo IV de la división de bronce y comenzó la liguilla de ascenso con victoria, pero dos derrotas obligaban a firmar una hazaña y esperar otro resultado para conseguir el ascenso. Y así fue, el 28 de junio de 1998, tras una épica victoria ante el Terrasa por tres necesarios goles de diferencia (4-1, con inolvidable hat-trick de Guede), y el empate del Talavera en Beasaín, el Málaga Club de Fútbol se convertía en equipo de Segunda División.
El paso del cuadro de Martiricos por la división de plata del balompié nacional fue meteórico. En su primera campaña en Segunda División, el conjunto entrenado por Joaquín Peiró consiguió el ascenso a falta de tres jornadas para el término de la competición, tras vencer el 30 de mayo de 1999 al Albacete en La Rosaleda. Los blanquiazules sumaban su cuarto título de Campeón de Segunda División, mientras que un jugador que celebraba sus goles imitando el vuelo de una gaviota, el brasileño Catanha, se convertía en el primer ‘Pichichi’ en Segunda de la historia del Fútbol de Málaga con 26 goles (empatado con Sequeiros, jugador del Atlético de Madrid B). El sueño se había convertido en realidad, la capital de la Costa del Sol regresaba a Primera División diez años después.
Más allá de un difícil estreno en Primera División, la brillante trayectoria del Málaga Club de Fútbol resplandeció aún más en la máxima categoría. Sin pasar apuros, el equipo consiguió la permanencia en su debut en ‘La Liga de las estrellas’ (1999/00) a falta de cuatro jornadas para el término del campeonato. En su estreno en la élite, Catanha también pasaría a la historia del Fútbol de Málaga como el delantero que más goles convirtió en una misma temporada en Primera (24).