1992-1994: Club Atlético Malagueño
Meses antes de la desaparición del CD Málaga, los directivos desligaron al Club Atlético Malagueño, que tenía diferente número federativo, para que no se viese también abocado a la desaparición, lo que hubiese provocado que el Fútbol en Málaga tuviese que haber empezado desde las últimas categorías.
En este período de transición, antes de que se constituyese en Sociedad Anónima Deportiva y adoptase la denominación de Málaga Club de Fútbol, el Club Atlético Malagueño compitió en Tercera División en la campaña 1992/93, donde consiguió el ascenso a la división de bronce del fútbol español, la Segunda División B. Sin embargo, la precaria situación económica condicionó la planificación deportiva y en la temporada 1993/94 se consumó nuevamente el descenso a Tercera División.
El debut como primer equipo de la ciudad se produjo ante la UD San Pedro, en 1992, con victoria por 2-1. Ya desde las primeras jornadas, el Malagueño se destacó en cabeza, acabando la liga regular como campeón de grupo perdiendo sólo 2 encuentros en toda la temporada, precisamente ambos ante el Almería CF. Encuadrado en el Grupo D1 en la fase de ascenso, le tocaron como rivales Mairena, Manzanares y Cristian Lay (de Jerez de los Caballeros), logrando ante este último equipo un agónico ascenso en tierras extremeñas el 27 de junio de 1993.
Su estreno en Segunda División B en la temporada 1993/94 fue efímero, debido a una plantilla demasiado joven que pagó cara su inexperiencia y al continuo cambio de entrenador durante el ejercicio, provocando que el equipo descendiese a Tercera División con varias jornadas de antelación. Fue a lo largo de esta temporada cuando se empezó a gestar el cambio de denominación a Málaga Club de Fútbol.
El Club Atlético Malagueño se fundó el 25 de mayo de 1948 como filial del Club Deportivo Málaga, ocupando el lugar que hasta entonces desempeñaba el Fernández Requena CF. Empezó a competir en categoría regional teniendo de entrenador al exjugador del CD Málaga Tomasín, logrando el ascenso a Tercera División en 1950 tras la renuncia del Electromecánicas de Córdoba. A partir de entonces, el Malagueño se convertiría en todo un clásico de la categoría, llegando a disputar dos veces la promoción de ascenso a Segunda División.
Desde sus inicios, la principal función del Malagueño fue la de surtir de jugadores al CD Málaga, siendo casi un centenar de jugadores los que dieron el salto al primer equipo blanquiazul. El CA Malagueño dejó de ser filial del CD Málaga durante una temporada, la 1959/60, debido al descenso a Tercera División del CD Málaga, provocando que ambos equipos se enfrentasen en la competición liguera. Una vez consumado el ascenso del CD Málaga a Segunda esa misma campaña, volvió a su papel de equipo nodriza.
Presidentes del Club Atlético Malagueño: Antonio Domínguez y José Antonio Ruiz Guerra.
Entrenadores del Club Atlético Malagueño: Fernando Rosas, Antonio Montero ‘Nene’, Francisco Javier Ortiz ‘Kempes’, Ricardo Albis, Voltaire García y Pepe Sánchez.
Jugadores destacados Club Atlético Malagueño: Bravo, Basti, Pepelu, Jesule, Servia, Paco Pérez, Richard y/o Burgos.