

Con el objetivo de formar jugadores y que prevalezca el espíritu de La Academia MCF, el Club Atlético Malagueño es un equipo compuesto por jóvenes canteranos con la ilusión de alcanzar la primera plantilla. Su tarea principal es ofrecer unos mecanismos de juego que permitan el crecimiento colectivo e individual de cada uno de los futbolistas que forman el plantel.
El 9 de julio de 2009, bajo la presidencia de Fernando Sanz y tras la aprobación de la RFEF, el Málaga B cambiaba oficialmente su denominación por la actual de Atlético Malagueño. El 'B' militó en el Grupo IX de Tercera División durante once años (2007-2018), proclamándose campeón liguero de forma consecutiva en las temporadas 2016/17 y 2017/18 con un fútbol coral, efectivo y práctico.
El segundo equipo de la entidad logró con el máximo goleador histórico del Málaga CF en la élite, Julio César Dely Valdés, al frente del banquillo, un ansiado ascenso (el 27 de mayo de 2018) a la división de bronce y regresar al Grupo IV de Segunda División B en la temporada 2018/19.
La exigencia de una categoría con equipos muy experimentados y, sobre todo, un inicio liguero con ocho derrotas consecutivas llevaron al Malagueño a ocupar unas posiciones de descenso que ya no abandonó, a pesar de la mejoría en resultados con la llegada del técnico gaditano Manolo Sanlúcar. El 27 de abril de 2019, en la 35ª jornada liguera, el cuadro blanquiazul certificó de manera matemática su descenso a Tercera.
El ejercicio 19/20 fue de transición para un Malagueño dirigido por Sergio Pellicer, hasta el ascenso del técnico al primer equipo a mitad de temporada. La COVID-19 propició la suspensión del campeonato, con un Malagueño 9º en la tabla tras 29 fechas disputadas. En la 20/21, nuevo proyecto con el tándem técnico Funes-Bravo en el que se luchó hasta el último partido por ascender a la nueva Segunda RFEF, pero no se consiguió tras caer en la final del playoff ante el Antequera CF.
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El Málaga B empata en Níjar y ganando el domingo jugará la liguilla
El filial malaguista ha empatado este jueves frente al Comarca de Níjar (0-0), en un encuentro aplazado correspondiente a la 39ª jornada del Grupo IX de Tercera División.
Oportunidad del Málaga B de recuperar la cuarta plaza
El Málaga B se enfrenta esta tarde, a partir de las 19:00 horas en el Estadio Colonización, al Comarca de Níjar, en un partido aplazado correspondiente a la jornada 39 en el Grupo IX de Tercera División.
El filial malaguista dejó escapar dos puntos vitales en el descuento
El Málaga B ha empatado este domingo (1-1), en la Ciudad Deportiva de El Viso, ante el Almería B. Encuentro correspondiente a la 40ª jornada del Grupo IX de Tercera División, que fue arbitrado por el jiennense Tirado Troyano y presenciaron unos 300 espectadores.