Con el objetivo de formar jugadores y que prevalezca el espíritu de La Academia MCF, el Atlético Malagueño es un equipo compuesto por jóvenes canteranos con la ilusión de alcanzar la primera plantilla. Su tarea principal es ofrecer unos mecanismos de juego que permitan el crecimiento colectivo e individual de cada uno de los futbolistas que forman el plantel.
A nivel histórico, el mejor período competitivo del segundo equipo blanquiazul fue el comprendido entre 2003 y 2006, militando tres temporadas seguidas en Segunda División tras un memorable ascenso en el curso 02/03 de la mano de Antonio Tapia. Con plantillas de innumerables canteranos que hicieron carrera en la élite como Calatayud, Manolo Gaspar, Juanma, Nacho, Juanito, Alexis, Juan Rodríguez, Jesús Gámez, Manolo Reina y un largo etcétera.
El 9 de julio de 2009, bajo la presidencia de Fernando Sanz y tras la aprobación de la RFEF, el Málaga B cambiaba oficialmente su denominación por la actual de Club Atlético Malagueño. El 'B' militó en el Grupo IX de Tercera División durante once años (2007-2018), proclamándose campeón liguero de forma consecutiva en las temporadas 2016/17 y 2017/18 con un fútbol reconocible y reconocido.
El equipo dependiente de la Entidad logró con el máximo goleador histórico del Málaga CF en la élite, Julio César Dely Valdés, al frente del banquillo, un ansiado ascenso (el 27 de mayo de 2018) a la división de bronce y regresar al Grupo IV de Segunda División B en la temporada 2018/19.
La exigencia de una categoría con equipos muy experimentados y, sobre todo, un inicio liguero con ocho derrotas consecutivas llevaron al Malagueño a ocupar unas posiciones de descenso que ya no abandonó, a pesar de la mejoría en resultados con la llegada del técnico gaditano Manolo Sanlúcar. El 27 de abril de 2019, en la 35ª jornada liguera, el cuadro blanquiazul certificó de manera matemática su descenso a Tercera.
El ejercicio 19/20 fue de transición para un equipo dirigido por Sergio Pellicer, hasta el ascenso del técnico al MCF a mitad de temporada. La COVID-19 propició la suspensión del campeonato, con un Malagueño 9º en la tabla tras 29 fechas disputadas. En la 20/21, nuevo proyecto con el tándem técnico Funes-Bravo en el que se luchó hasta el último partido por ascender a la nueva Segunda RFEF, pero no se consiguió tras caer en la final del playoff frente al Antequera CF. El guion se repitió el curso 21/22, con los de Funes clasificados para el playoff de ascenso y cayendo en la primera ronda ante el Huétor Tájar granadino; y en la 22/23, eliminados en la 2ª ronda de la fase de ascenso ante El Palo FC.
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Victoria del Malagueño para acabar una temporada notable (2-1)
El Atlético Malagueño ha puesto un buen broche a una magnífica temporada. El cuadro de Rafa Gil venció por 2-1 al Loja en el último partido de la temporada del Grupo IX de Tercera. Dos goles de Óscar -'pichichi' liguero del equipo esta campaña con 19 goles- certificaron el triunfo blanquiazul. Buen año del filial aportando muchos jugadores al primer equipo albiceleste, y luchando hasta el último suspiro por entrar en la fase de ascenso a Segunda B.
El Malagueño empata y se queda sin opciones de ascenso (2-2)
El empate del Atlético Malagueño en Armilla frente a un rival que se jugaba la vida, este domingo, ha dejado a los de Rafa Gil sin posibilidades de pelear por el ascenso a Segunda División B. Juanfri por dos veces fue el autor de los goles malaguistas, en un partido donde los albicelestes lo intentaron hasta el último suspiro.
El Malagueño se aferra a sus opciones de play-off en Vícar (3-5)
El Atlético Malagueño fue muy superior al Ciudad de Vícar y sumó tres puntos que le permiten seguir soñando con la posibilidad de meterse en los puestos de play-off de ascenso a Segunda B. Un partido con muchos goles que siempre dominó el filial -Cala y Juanfri en dos ocasiones y Óscar fueron los goleadores- y consiguió la victoria a pesar del empuje final de los locales.